奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心。由于奥塔哥大学是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。

　　奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名，其他非医学科系，如生理、解剖等也是世界有名的，另外还有商学和法学等科目。尤其商学院，和奥克兰大学商学院一样，闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生，来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。奥塔哥大学（）连续数年都被评选为新西兰高中生最渴望就读之大学，可见其魅力之一斑了。

　　院系与专业设置

　　商学院：经济、会计、金融、管理、资讯管理、信息系统、旅游、市场营销

　　医学院：解剖学、生物化学、微生物学、药理学、生理学、病理学、营养学、流行病学、遗传学、老年医学、免疫学、药物学、护理学、物产科学、物理治疗、病毒学，医学（包括内科、外科、眼科、儿科、牙科、妇科、产科、放射科、精神病治疗等）

　　人文科学院：教育学、人类学、艺术史及理论、神学、多种外国语言与文化学习、古典文学（希腊文、拉丁文）、历史学、电影及媒体研究、地理（地理学、城市地理、生物地理、人文、地形学、气候学）、法律、现代文学与电影音乐、哲学、政治与环境、视觉文化等。

　　科学院：生物学、生物技术、植物学、化学、纺织学、营养学、食品学、计算机科学、设计学、陆地海洋学、生态学、物理，电学、工程学、环境科学、地质学、海洋学龄、数学、微生物学、物理学、生理学、心理学、统计学、测量学，通讯学、野生动物管理、动物学等。