奥塔哥大学有全新西兰第一所医学院，并且是南岛的医学研究中心，由于是第一个将试管婴儿付诸实际的医学中心，因此在世界上享有盛名。奥塔哥大学也有全新西兰唯一的牙医学校，其国际排名更是在前十名内，且为大洋洲第一名。此外，本校也是南岛唯一有药学、理疗、医学实验等科系的学校。这所医学院至今依旧闻名，其入学的要求与一般大学相同，只要在大学入学考试中考过三个科目便能就读，因此每年吸引近千名学生来此地就读，大家共修第一年科目，然后依成绩决定往后的专业科系。医学院每年录取一百八十位学生，牙医六十位，药学约一百八十位。若未进任何理想科目的学生，可转修其他科系，可用二年级成绩重新申请牙医或者是读完一个学位后，重新申请学士后医学院。

　　奥塔哥大学其他非医学科系，如生理，解剖等也是世界有名的，新兴科系如生化，基因工程，或者是基础科学如物理、化学、数学等也都有开课，另外还有商学和法学等科目。尤其是商学院，和奥克兰大学的商学院一样，闻名于新西兰，每年都有百多位国际留学生，来此地取得奥塔哥大学MBA的学位。