林肯大学共有16个核心研究课题，涉及从动物研究、食品研究到生态学和旅游学的广泛领域。林肯大学在商业、管理、科学、初级生产、环境管理和旅游方面拥有学科优势。坐落在林肯大学的“国家高级生物保护中心”，是新西兰政府特别资助的7个优秀科研中心（Centres of Research Excellence）之一，拥有世界一流的科研设备。该中心由新西兰一流的植物保护专家建立，在生物安全、害虫防制和其他方面进行研究。研究的课题还包括高级农业生物技术。
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